ইরানের উত্তর-পূর্বাঞ্চলীয় শহর মাশহাদ-এর একটি ধর্মীয় পরিবারে ১৯৩৯ সালের ১৯ এপ্রিল জন্মগ্রহণ করেন আয়াতুল্লাহ আলী খামেনি। আট ভাই-বোনের মধ্যে তিনি ছিলেন দ্বিতীয়। তার বাবা সৈয়দ জওয়াদ খামেনি স্থানীয়ভাবে সুপরিচিত একজন শিয়া পণ্ডিত ছিলেন। মা খাদিজে মির্দামাদী ছিলেন অত্যন্ত ধার্মিক ও ধর্মনিষ্ঠা সম্পন্ন নারী।

শৈশবে মায়ের কাছ থেকেই কোরআন শিক্ষাসহ ইসলামের মৌলিক বিষয়গুলোয় প্রাথমিক দীক্ষা নেন আলী খামেনি। তার বিভিন্ন স্মৃতিকথায় উঠে এসেছে, মা খাদিজে মির্দামাদীর কোরআন তেলাওয়াতের কণ্ঠ ছিল অত্যন্ত সুমধুর। খামেনি নিজেই উল্লেখ করেছেন, তার চরিত্র গঠন ও ধর্মীয় চেতনা বিকাশে মায়ের ভূমিকা ছিল ‘অত্যন্ত গুরুত্বপূর্ণ’।

মাত্র চার বছর বয়সে বড় ভাই মোহাম্মদের সঙ্গে স্থানীয় একটি মক্তবে পড়াশোনা শুরু করেন তিনি। তবে শৈশবের সেই শিক্ষাজীবন পুরোপুরি সুখকর ছিল না। নিজের স্মৃতিকথায় খামেনি লিখেছেন, মক্তবের শিক্ষককে তিনি খুব ভয় পেতেন। কারণ প্রতি শনিবার শিক্ষক শিক্ষার্থীদের সারিবদ্ধভাবে দাঁড় করিয়ে শারীরিক শাস্তি দিতেন।

শৈশবের ধর্মীয় পরিবেশ, পারিবারিক শিক্ষাদীক্ষা এবং কঠোর শৃঙ্খলার মধ্য দিয়েই গড়ে ওঠে আলী খামেনির প্রাথমিক জীবনভিত্তি—যা পরবর্তী সময়ে তার রাজনৈতিক ও ধর্মীয় নেতৃত্বের পথে গুরুত্বপূর্ণ প্রভাব ফেলে।