২০০৯ সালের ২৫ ও ২৬ ফেব্রুয়ারি সীমান্তরক্ষী বাহিনী (বিডিআর, বর্তমানে বিজিবি) সদর দপ্তরে সংঘটিত নৃশংস হত্যাকাণ্ডের তদন্ত প্রতিবেদন প্রকাশিত হয়েছে। জাতীয় স্বাধীন তদন্ত কমিশনের ১১ মাসের তদন্তে দেখা গেছে, প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনার ভাতিজা ব্যারিস্টার শেখ ফজলে নূর তাপসের নাম হত্যাযজ্ঞের পরিকল্পনায় বারবার উঠে এসেছে।

প্রতিবেদনে উল্লেখ করা হয়েছে, হত্যাকাণ্ডের আগে ভারতীয় পক্ষের সঙ্গে বৈঠকের পর পুরো পরিকল্পনা চূড়ান্ত করা হয়। তাপসের অফিস ও বাসায় একাধিক বৈঠকে ভারতীয় গোয়েন্দাদের সঙ্গে হত্যাযজ্ঞের প্রস্তুতি নেওয়া হয়। ভারতের কমান্ডো ও গোয়েন্দা সংস্থার ২৪ সদস্য এই হত্যাকাণ্ডে সরাসরি যুক্ত ছিলেন বলে সাক্ষ্যপ্রমাণে দেখা গেছে।

তদন্তে আরও উল্লেখ করা হয়েছে, ২৮ ফেব্রুয়ারি ২০০৯-এ ভারতের পক্ষ শেখ হাসিনাকে উদ্ধারের প্রস্তুতি শুরু করে। ত্রিপুরার একটি সামরিক ঘাঁটিতে দুটি এবং কলকাতায় একটি কমান্ডো প্লাটুন প্রস্তুত রাখা হয়েছিল। এছাড়া, পলাতক শেখ সেলিমও এই পরিকল্পনায় যুক্ত ছিলেন এবং তৎকালীন স্বরাষ্ট্র প্রতিমন্ত্রী সোহেল তাজও বিষয়টি জানতেন।

কমিশন মনে করছে, ২০০৮ সালের নির্বাচনের পর দেশপ্রেমিক সেনা অফিসারদের পদায়ন ও মনোবল ভাঙার মাধ্যমে দেশীয় সেনা কাঠামোর ওপর প্রভাব বিস্তারের উদ্দেশ্যে এই হত্যাকাণ্ড সংগঠিত হয়।